Na wat zoeken op internet vond ik meer mensen die hier problemen mee hadden... en heb uiteindelijk de oplossing van Kevin K Nelson vanuit deze post toegepast.
Onderin een stukje extra script toegevoegd:
$(document).on('click','.navbar-collapse.in',function(e) {
if( $(e.target).is('a') ) {
$(this).collapse('hide');
}
});