Gelukkig is er wel een oplossing.
Voor IE8 is het een kwestie van het dynamische framewrok wat statischer opbouwen.
De olossing vond ik hier: http://www.yootheme.com/support/question/45407
De oplossing voor IE9 had wat minder voeten in aarde, want alleen het scrollspy script doet het niet in IE9, de rest werkt wel. (Scrollspy geeft een leuk vertragend effect, het laadt een aantal blokjes met een soort van animatie).
In de IE9.css wat opnemen is de oplossing, en deze vond ik hier:
http://www.yootheme.com/support/question/54597